為解決國內未登記工廠存在已久的問題，總統於99年6月2日公布「工廠管理輔導法」修正案，修正第33條、34條並訂定「未登記工廠補辦臨時工廠登記辦法」有條件輔導登記條款，期以促進工業發展，健全工廠管理及輔導。
臨時工廠登記自101年6月2日截止受理後，仍有許多業者希望延長申請時間，經濟部基於輔導廠商及健全工廠管理機制，修正「工廠管理輔導法」第33條及第34條條文，經立法院103年1月3日三讀通過，並於103年1月22日經 總統令公布，將臨時工廠登記第一階段申辦期限延長至104年6月2日止，輔導期間也一併延長至109年6月2日止，經濟部103年2月21日發函各縣市政府請自即日起開始受理臨時工廠登記，依上開規定自即日起受理廠商未登記工廠補辦臨時工廠登記第一階段之申請。
依「未登記工廠補辦臨時工廠登記辦法」規定，凡於97年3月14日以前屬低污染事業之既存未登記工廠，在符合環保、消防、水利、水保等事項及繳納回饋金下，可於104年6月2日前向本府經濟發展局申請未登記工廠補辦辦臨時工廠登記，在取得臨時工廠登記後至輔導期間屆滿前（109年6月2日止），可暫時免除工廠管理輔導法、區域計畫法、都市計畫法及建築法相關罰則，故未登記工廠補辦臨時工廠登記係「有條件就地輔導」其合法經營，並非「就地合法」。
