臺灣光復之初還有以日據時期會社、組合、神明會名義登記等地籍登記不完整或與現行法令規定不符之情形，因該等情形存在已久，不僅影響土地之有效利用，亦妨礙民眾財產權利之行使，為徹底解決上述地籍問題，內政部爰制定「地籍清理條例」，經總統於96.3.21公佈，並於97.7.1起施行。
依地籍清理實施計畫規定，97年度直轄市、縣(市)政府首要之清理對像為：神明會土地及建物，以及38年12月31日以前登記之抵押權。
民眾如有上述土地或建物登記問題，應於各直轄市或縣(市)政府公告之受理申報或受理申請登記期間內，儘速向土地所在地之直轄市或縣(市)政府主管機關申報或地政事務所申請登記，以確保自身權益。
【神明會土地之清理】：
神明會係同信仰一個神佛之會員或信徒，集資購置財產，每年以其收益辦理該神佛祭典之組織，其名稱通常稱為「會」、「社」、「堂」，亦有稱「季」、「盟」、「閤」、「亭」「祠」、「祀典」者，其表明神明會意義名稱上，冠以神佛之名稱或特定公號之名。由於神明會並非法人，無權利能力，自不得為不動產登記之權利主體，依地籍清理條例規定，神明會申報清理後應成立法人，並就其土地辦理法人更名登記，或依其規約或經會員或信徒過半數書面同意，就其土地登記為現會員或信徒非別共有或個別所有。
【38年12月31日以前登記之抵押權之清理】：
臺灣光復初期辦理土地權利憑證繳驗之申報期限(38年12月31日)以前登記之抵押權，迄今尚未塗銷者，影響土地的融資及處分，為兼顧所有權人及抵押權人之權益，並促進土地利用，依地籍清理條例規定，土地或建物所有權人得申請塗銷登記。如因塗銷登記造成抵押權人之損害，由該所有權人負損害賠償責任。
